Incluso con una rendición firmada y la Guerra Civil terminada, el Presidente de la Confederación, Jefferson Davis, no quiso admitir la derrota. Estableció un gobierno temporal en Danville con sus asesores de confianza (John H. Reagan, Judah P. Benjamin, John Breckinridge y Burton Harrison entre ellos) para tratar de encontrar una manera de reforzar sus tropas y empujar la lucha hacia el oeste.. En privado, comenzó a hacer planes para huir al extranjero a una simpática Gran Bretaña o Francia, pensando que podría formar un gobierno en el exilio. No iba a ser.
El 15 de abril, el presidente Lincoln fue asesinado. Ahora, el presidente Andrew Johnson estaba bajo la suposición (falsa) de que Davis y sus cohortes habían estado directamente involucrados en el asesinato del presidente. Las tropas de la Unión, con la recompensa de $ 100,000 del Departamento de Guerra de los Estados Unidos (aproximadamente $ 1.6 millones hoy) en Davis motivándolos, avanzaron hacia Danville.
Davis y compañía se retiraron aún más al sur. Terminaron en la ciudad de Washington en el condado de Wilkes, Georgia. El 4 de mayo, Davis celebró lo que sería la reunión final del gabinete de la Confederación en el edificio del Banco del Estado de Georgia en Washington. Davis autorizó los pagos del tesoro a sus funcionarios y dejó el resto al cuidado del capitán Micajah Clark en Washington, donde "desapareció en circunstancias misteriosas".
Davis, con su familia, había estado viajando por Georgia cuando finalmente hicieron el campamento en Irwinville, en el centro de Georgia, el 9 de mayo. A la mañana siguiente, fueron despertados por disparos. Las caballerías de First Wisconsin y Fourth Michigan los habían alcanzado. Hay varias interpretaciones diferentes de lo que sucedió en esos momentos finales de libertad para Jefferson Davis. Mientras intentaba huir, la prensa del Norte escribió que llevaba puesto el chal y / o la enagua de su esposa en un intento de engañar a sus captores. Lo llamaron cobarde y, más tarde, una canción popular de la época se tituló "Jeff in Petticoats". La esposa de Davis insistió, respaldada por otros relatos históricos, de que simplemente llevaba un chal porque se había puesto bastante enfermo durante los últimos días. Pocos días y ella se lo había dado para mantenerlo abrigado. De cualquier manera, no había escapatoria. Jefferson Davis se convirtió oficialmente en un prisionero del gobierno de los Estados Unidos.
Fue trasladado a Fort Monroe en Virginia, donde estuvo recluido durante dos años como prisionero militar. Los soldados lo observaron las 24 horas del día, los 7 días de la semana para asegurarse de que no intentaba escapar, que comía y no intentaba suicidarse. El país debatió cómo manejar al criminal de guerra más famoso de la Guerra Civil. Al principio, el presidente Johnson quería procesar a Davis como co-conspirador en el asesinato del presidente Lincoln. Sin embargo, cuando el juicio por los verdaderos asesinos de asesinato terminó a fines de junio de 1865, quedó claro que Jefferson Davis no tenía conexión directa con las partes.
En el transcurso de un año, Davis fue trasladado a alojamientos mucho mejores y su esposa incluso pudo mudarse a Fort Monroe para estar cerca de él. Según la Fundación de Humanidades de Virginia, Davis respetaba la forma en que el gobierno lo estaba tratando. Se le concedieron ciertos privilegios, como visitantes, ejercicio y tiempo con su esposa, que no necesariamente tenían que darle.
El 13 de mayo de 1867, fue puesto en libertad civil bajo la fianza de $ 100,000. El editor de tEl New York Tribune, Horace Greeley, el abolicionista Gerrit Smith y otros prominentes norteños pagaron esa fianza. Smith dijo en su razonamiento para hacer esto,
Mi primera razón para firmar el Bono fue que el Sr. Davis tenía derecho a su juicio oa su libertad. Que el prisionero tenga un juicio rápido es una proposición general que nadie combate. Puede haber razones suficientes para un retraso inusual en el intento del Sr. Davis: - sin embargo, difícilmente, por un retraso de dos años.
El juicio de destitución del propio presidente Andrew Johnson retrasó aún más las mociones. Además, hubo varios problemas que la fiscalía (el gobierno de los EE. UU.) Encontró para acusar a Davis de traición. Por un lado, el acusado (Davis) exigió un juicio que obligó al gobierno a descubrir la manera correcta de probar la inconstitucionalidad de la secesión. No hace falta decir que esta fue una tarea difícil y el gobierno pidió más tiempo para reunir sus argumentos.
Finalmente, en diciembre de 1868, un año y medio después de su liberación bajo fianza, se llevaron a cabo mociones preliminares para Davis por los cargos de traición contra los Estados Unidos por organizar y armar las invasiones militares de Maryland y el Distrito de Columbia en 1864.
La defensa solicitó de inmediato una desestimación de los cargos. Dijeron que dado que Davis ya sería castigado por la Decimocuarta Enmienda, no podría ser procesado nuevamente por la doble disposición de riesgo. (Ver La verdad sobre el doble riesgo). La Decimocuarta Enmienda solo se aprobó en julio de ese año y abordó muchas cuestiones relacionadas con la Reconstrucción, pero en la sección tres decía:
Ninguna persona podrá ser Senador o Representante en el Congreso, o elector del Presidente y Vicepresidente, ni ocupar ningún cargo, civil o militar, en los Estados Unidos … deberá haber participado en una insurrección o rebelión contra el mismo, o haber brindado ayuda o consuelo a Sus enemigos.
El caso fue a la Corte Suprema, pero nunca fue juzgado. Por temor a que la Corte Suprema dictaminara a favor de la defensa y hiciera que el gobierno de los Estados Unidos pareciera incompetente, el Presidente Johnson emitió un indulto el día de Navidad de 1868 a todas las personas que participaron en la "rebelión". Jefferson Davis ya no era un hombre buscado.
Davis y su familia viajaron a Europa por un tiempo después de su liberación, sin duda desilusionados con todo el proceso de enjuiciamiento. Al regresar, se instaló en Tennessee. Se mantuvo callado y no comentó públicamente sobre la Reconstrucción. En privado, según la biografía de William Cooper sobre Davis, él pensaba que los afroamericanos eran inferiores a los hombres blancos y le molestaba que el sur estuviera gobernado por "yanquis y negros".
Se mudó a una finca llamada Beauvoir cerca de Biloxi, Mississippi. De hecho, el estado de Mississippi intentó convertirlo en senador de los EE. UU., Solo para que se le negara debido a la Decimocuarta Enmienda anteriormente discutida. A medida que continuaba su retiro tranquilo, completó un libro de dos volúmenes en 1881 sobre sus experiencias en tiempos de guerra llamadas El ascenso y la caída del gobierno confederado. En 1888, su reputación como héroe confederado se restauró, dijo esto a una audiencia de simpatizantes en Mississippi:
"… deje a un lado todo el rencor, todo el amargo sentimiento seccional, y establezca sus lugares en las filas de aquellos que lograrán una consumación devotamente deseable, un país reunido".
El 6 de diciembre de 1889, Jefferson Davis falleció en Nueva Orleans, Louisiana. Fue enterrado allí durante cuatro años hasta 1893, cuando fue trasladado al cementerio de Hollywood en Richmond, Virginia. Sus restos todavía están allí, en la misma ciudad donde comenzó su caída.
