El 13 de septiembre de 1848, Gage estaba ayudando a excavar rocas para dar paso a una vía férrea en el Ferrocarril Rutland y Burlington cerca de Cavendish en Vermont. Justo antes del accidente, Gage se estaba preparando para una explosión mediante la compactación de un orificio con polvo explosivo con un tampón. Una chispa creada a partir del hierro de prensado encendió el polvo, conduciendo el hierro directamente a través del cráneo de Gage. Entró por debajo del hueso de la mejilla izquierda y salió completamente por la parte superior de la cabeza, y luego se recuperó a unos 30 metros de distancia, manchada de sangre y materia cerebral.
Para tener una idea de la extensión del daño que habría causado este hierro, debe darse cuenta de su tamaño. El hierro de apisonamiento tenía una longitud de 3 pies 8 pulg. (1,11 m) y 1,25 pulg. (3,18 cm) de diámetro en un extremo y se estrechó sobre una distancia de aproximadamente 1 pie, hasta 0,25 pulg. (0,6 cm) de diámetro, con un peso aproximado 13 libras (6 kg).
Después de que la vara pasara por su cabeza, no se sabe si Gage perdió el conocimiento alguna vez, pero a los pocos minutos de su lesión, ante el asombro de los hombres de su tripulación, estaba caminando y hablando y se incorporó en una carreta de bueyes durante el viaje de 3/4 millas a su casa donde fue atendido por el Dr. Edward H. Williams, quien describe la situación cuando vio a Gage por primera vez:
Cuando manejé, me dijo: 'Doctor, esto es un asunto suficiente para usted'. Noté por primera vez la herida en la cabeza antes de bajarme de mi carro, ya que las pulsaciones del cerebro eran muy distintas. La parte superior de la cabeza parecía un embudo invertido … como si un cuerpo en forma de cuña hubiera pasado desde abajo hacia arriba. El Sr. Gage, durante el tiempo que estuve examinando esta herida, relató la forma en que fue herido con los transeúntes. No creí en la declaración del Sr. Gage en ese momento, pero pensé que estaba engañado. El Sr. Gage insistió en decir que la barra pasó por su cabeza … El señor G. se levantó y vomitó; el esfuerzo de vomitar presionó a la mitad de una taza de té del cerebro, que cayó sobre el suelo.
Por la noche, el Dr. John Martyn Harlow se había hecho cargo del caso y fueron sus notas de observaciones sobre la lesión de Phineas, la recuperación posterior y los cambios de personalidad lo que proporcionó evidencia de que la corteza frontal está involucrada en la personalidad.
El tratamiento inicial de las lesiones físicas de Phineas incluyó la limpieza de la herida mediante la eliminación de pequeños fragmentos de hueso y la sustitución de algunos de los fragmentos más grandes que aún estaban adheridos pero desplazados. La gran herida en la parte superior de su cabeza se cerró con tiras adhesivas y se cubrió con una compresa húmeda, para permitir que la herida se drenara en los apósitos. En pocos días, su cerebro expuesto se infectó y cayó en un estado semi-comatoso. Para alivio de su familia y sorpresa, se recuperó. No mucho después, el Dr. Harlow tuvo que liberar 8 onzas líquidas de pus de un absceso debajo del cuero cabelludo de George.
A pesar de todo esto, solo tres meses y medio después del accidente, Phineas Gage estaba llevando una vida aparentemente normal, al contrario de muchos relatos extravagantes que pronto aparecieron, la mayoría de los cuales fueron descartados como mitos, debido a la falta total de pruebas. Sin embargo, los más cercanos a él notaron leves cambios en su personalidad y comportamiento. En 1868, en un informe publicado en el Boletín de la Sociedad Médica de Massachusetts, El Dr. Harlow escribió,
Sus contratistas, que lo consideraban el capataz más eficiente y capaz en su empleo anterior a su lesión, consideraron que el cambio en su mente estaba tan marcado que no podían volver a darle su lugar. Es caprichoso, irreverente, se complace en ocasiones en la profanidad más grosera (que no era su costumbre anteriormente), manifestando una escasa deferencia para sus compañeros, impaciente por la restricción de consejos cuando entra en conflicto con sus deseos, a veces obstinadamente obstinados, aunque caprichosos y vacilante, concibiendo muchos planes de operación futura, que apenas están dispuestos y abandonados a su vez para que otros parezcan más factibles. En este sentido, su mente cambió radicalmente, tan decididamente que sus amigos y conocidos dijeron que ya no era "Gage".
No era el mismo hombre que solía ser y le negaba un empleo a la compañía ferroviaria que lo veía como un capataz eficiente y capaz, trabajó por un corto tiempo en un establo en New Hampshire, entre otros trabajos ocasionales. Luego pasó siete años como conductor de diligencias en Chile hasta que su salud comenzó a deteriorarse. La evidencia descubierta recientemente, en 2008, parece indicar que antes de su fallecimiento mientras trabajaba en Chile, Gage había recuperado la mayoría, si no todas, de sus habilidades sociales anteriores y, por lo demás, era un tipo bastante normal en este momento. Una vez que su salud disminuyó, se mudó a San Francisco con su madre, donde, después de sufrir una serie de ataques epilépticos, murió el 20 de mayo de 1860 a la edad de 36 años, casi 12 años después de su accidente.
No fue hasta 1866 que el Dr.Harlow, quien había pensado que nunca más volvería a saber de Phineas, supo de su muerte. A petición de la familia, el cráneo de Phineas fue retirado de su tumba y enviado, junto con el hierro de apisonamiento que había perforado el cráneo de Phineas, al Dr. Harlow en Massachusetts. Hoy en día, ambos pueden verse en la Facultad de Medicina de la Universidad de Harvard en el Museo Anatómico Warren.
